Bruce Wayne har teke med seg sin biologiske son Damian heim til Gotham, og gjort han til den nye Robin. Ein frustrasjon for måten Batman handterer skurkar på aukar hjå Robin, og den nye autoritetspersonen han er passar heller ikkje. Ein splid veks gradvis og utfoldar seg som det sentrale temaet i Batman vs. Robin.
Historia til filmen er om ein hemmeleg organisasjon, The Court of Owls, som består av menneske som styrer Gotham bak kulissene. Ein organisasjon som tidlegare berre har vore ei myte, og som Bruce Wayne har jakta på siden ung alder.
Det er dyktig motstand som møter Batman i Batman vs. Robin, og det ser lenge mørkt ut. Konflikten med Robin er også djupt forankra, og kan ikkje viskast vekk på eit augeblink. Alt som står på spel og måten det er løyst på gjer at filmen fungerer som drama i tillegg til den forventa dosen med action.